Vänermuseet har sitt opphav i Lidköpings Hantverksmuseum, som ble åpnet i 1918 i rådhuset på Nya stadens torg, etter initiativ fra Lidköpings Industri- og Husflidsforening. I 1965 ble museet kommunalt og flyttet til Orionhuset ved torget. I 1980 flyttet den videre inn i lokalene til den gamle pikeskolen på Mellbygatan.

På begynnelsen av 1980-tallet dukket det opp en idé om at Sveriges største innsjø Vänern skulle ha et eget museum. I desember 1995 flyttet Lidköpings håndverks- og sjøfartsmuseum inn i en nyoppført bygning i Framnäs ved siden av Vänerns sørlige kyst.

Vänermuseet ble innviet i 1996 av kong Carl XVI Gustaf. Dermed fikk Lidköping et nytt museum med et nytt mål: å formidle kunnskap om menneskets forhold til sitt miljø fra et natur- og kulturhistorisk perspektiv, med Vänern i sentrum. Gjennom dette fokuset, for å jobbe både med naturhistorie og med kulturhistorie, har Vänermuseet blitt et gitt sted for folk å gå til for å søke, skaffe og gi kunnskap. Det er også en møteplass for å komme sammen rundt dagens miljøspørsmål og hvordan vi kan takle dem. Fortiden påvirker nåtiden, men hvordan vil nåtiden påvirke fremtiden?